Okulumuzun inşaatına 1984 yılında başlanmış olup, 1985-1986 Eğitim Öğretim yılında Bağlarbaşı İlkokulu ve Bağlarbaşı Ortaokulu olarak eğitim ve öğretime başlamıştır. 1986-1987 Eğitim ve Öğretim yılında ise ilkokul ve ortaokul birleştirilerek İlköğretim okuluna dönüştürülmüştür. Okulun adı Zübeyde Hanım İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir. 2012 yılında yapılan 12 Derslilkli Ek Bina 2013-2014 Eğitim-Öğretim Yılında hizmete girmiştir. Okulumuz 2013 yılında Zübeyde Hanım Ortaokulu adını alarak Ortaokula dönüştürülmüştür.

Okulumuz ilk mezunlarını ikinci kademede 79 öğrenci ile 1987-1988 Eğitim Öğretim yılında, Birinci kademede ise 137 öğrenci ile 1989-1990 Eğitim Öğretim yılında vermiştir. Yalova'nın ilk İlköğretim okuludur. Okulumuzun ilk kurucu Müdürleri Birinci kademede Rıza SAYILDI, İkinci kademede ise Saffet DOĞAN'dır.